Идея создания передачи принадлежит Валентине Федоровой (тогда – главному редактору редакции программ для детей и юношества ЦТ СССР), увидевшей, будучи в ГДР, мультсериал о приключениях песочного человечка. Причем с самого начала передача задумывалась как сказка на ночь, а вот о ее названии споры шли долго.
Среди вариантов были: «Вечерняя сказка», «Спокойной ночи», «Сказка на ночь», «В гостях у волшебного человечка Тик-Так», а конечный вариант – а «Спокойной ночи, малыши!», с которым передача выходит в эфир уже полвека, – появился накануне первого эфира.
С самого начала не было технической возможности для записи передачи, поэтому каждый день она выходила только в прямом эфире и то в виде картинок с закадровым текстом. Затем появились кукольные спектакли с куклами театра С.Образцова и небольшие пьесы с участием артистов МХАТа и Театра Сатиры. А иногда в съемках принимали участие и дети 4-6 лет, в гости к которым приходили известные театральные актеры: давали советы, рассказывали сказки. В создании программы принимали участие такие известные детские писатели, поэты и сценаристы как А.Курляндский, Э.Успенский, А.Усачев, Р.Сеф, П.Барто и другие.
Озвучивали персонажей актеры театра С.Образцова и других московских театров. Например, Хрюша разговаривал голосом Н.Державиной, которая буквально посвятила жизнь своему любимому поросенку, а после ее смерти в 2002 году Хрюшу заговорил голосом О.Чабанюк. Первым, кто озвучивал Филю, был Г.Толчинский, затем – И.Голуненко, С.Григорьев, а с 2014 года – А.Нечаев. Степашку озвучивает Н.Голубенцева, Каркушу – до 1998 года – Г.Суфимова, а сегодня – Л.Бурмистрова.
Не меньшей любовью, чем звери-персонажи, пользовались и дикторы-ведущие «Спокойной ночи, малыши!» — В.Ухин (дядя Володя), В.Леонтьева (тетя Валя), Т.Веденеева (тетя Таня), А.Вовк (тетя Лина), Т.Судец (тетя Таня), Ю.Григорьев (дядя Юра), С.Жильцова, Н.Кондратова. А в 1990-е годы передачу вели разные артисты – Ю.Куклачев, А.Акопян и другие.
На протяжении последних нескольких лет друзьями и наставниками Фили, Хрюши, Степашки, Каркуши, Мишутки и Мура стали – актеры А.Михалкова и М.Пореченков, телеведущая О.Федорова, певец Д.Маликов и спортсмен Н.Валуев.
За свою полувековую историю передача «Спокойной ночи, малыши!» поистине стала всенародно любимой, стала символом семьи и преемственности поколений. Не даром она трижды становилась лауреатом премии ТЭФИ (в 1997, 2002 и 2003 годах) в номинации «Лучшая детская программа». А по ее мотивам создано несколько компьютерных и настольных обучающих игр для детей разного возраста.